تقع مدينة الخندق في الولاية الشمالية على بعد 423كلم من الخرطوم 65كلم جنوب دنقلا.
و هي من المدن المعروفة منذ بداية القرن الثامن عشر، كما وصفت كواحدة من المدن الأفضل بناءً في النوبة، وكانت الخندق واحدة من مأمورايات إقليم دنقلا.
أرجع أحد الدارسين تاريخ الخندق إلى 1000ق.م عندما كانت إحدى مستوطنات المملكة المصرية الحديثة. و يعتقد أن هنالك معبداً لأمنحتب في الخندق والذي يعتقد أنه مدفون حالياً تحت احد المساجد. كما أرخ آركل القلعة إلي الفترة المسيحية المتأخرة عندما كانت مملكة المقرة في مرحلة الدفاع عن النفس. وذكر أيضاً شيني وجود دير القديس جورج حيث دفن الملك النوبي سلمان، نقلاً عن أبو صالح الأرمني.
كانت الخندق في أيام مملكة الفونج مقر رئاسة مملكة الخندق، واحدة من الممالك الرئيسية التي كانت تنمتي اسمياً إلى مملكة الفونج.
في القرنين الماضيين كانت ذات أهمية بالغة كميناء نهري هام يستقبل البضائع من مصر و يقوم بجلب الواردات من قلب غرب وجنوب السودان.
مدينة الخندق تعتبر إحدى المشاريع التابعة لقسم الآثار جامعة الخرطوم.
بدأت الدراسات الأثرية في المنطقة في العام 1997م بواسطة بعثة معهد الآثار جامعة كالفورنيا، لوس انجلوس. قاموا بعمل مسح آثاري و تم تحديد مواقع رئيسية في المنطقة. و بدء مشروع جامعة الخرطوم في 2006م بقيادة عالمة الآثار البروفيسور إنتصار صغيرون الزين. حيث تم تسجيل 35 موقعاً داخل المدينة، معظم هذه المواقع تعود للفترة الإسلامية (منازل، قباب، مدافن، خلاوي) وأيضاً هنالك العديد من الأدلة التي تعود إلي الفترة المسيحية، والقليل جداً منها يعود لفترة ما قبل التاريخ.
القلعة الحمراء:
تشرف القلعة الحمراء المعروفة محلياً بالقيلا قيلا على المدينة من خلال حائطها الغربي وأبراجه المتينة. حيث يرى الزائر البرج الجنوبي الغربي من اتجاه الشمال و الجنوب معاً. الحائط الشمالي الذي يمتد من الشرق للغرب اختفت معظم حجارته و يقطعه طريق في النهاية الشرقية إستخدمه المارة لهم ولمواشيهم. ومن الواضح أن معظم حجر القلعة قد أعيد إستخدامها لبناء مركز الشرطة في بداية القرن العشرين كما أستخدم أيضاً في بعض المنازل. يعود تاريخ ظهور القلعة للفترة المسيحية ومن ثم إستمر استخدامها خلال فترة مملكة الخندق الإسلامية.
ومن ملامح المدينة الواضح للعيان هي كثرة المدافن في أنحاء المدينة و في الطرقات، وداخل العديد من المنازل كأنما المدينة بنيت فوق مقبرة ضخمة. كما توجد أيضاً مدافن جماعية معروفة لدى السكان بالتوسكية بعضها من النوع ذو السقف المقنطر المشيد بالطوب اللبن وقليل منها بالطوب المحروق. كما توجد جبانتان للملوك بالإضافة للجبانة العامة. تتنوع المباني الفوقية للمقابر فنجد المقابر البيضاوية بشاهدين في الأطراف والشواهد معظمها منقوشة كما تتناثر الحصى على السطح. البعض الآخر ذات مصطبة مرتفعة قليلاً من الطوب اللبن و المحروق كما تحاط البعض بحوائط قصيرة ترتفع لحوالي 20 إلى 50سم. ويتم دفن الأطفال وحديثي الولادة جوار القباب أو مدافن الشيوخ كما تُعلم قبور النساء حتى الأطفال منهم بشاهد ثالث في وسط القبر. وتوجد العديد من القباب ومدافن الشيوخ و أماكن التعبد في الخندق وسط المدينة وفي طرفها الشمالي. و الأخير نجد فيه بقايا مباني بعضها مكون من غرفتين تحوي الشرقية محراباً. وكما أفادت الروايات الشفاهية فقد كانت خلاوي لتدريس القرآن الكريم و مساجد.