أُسست هذه الجماعة في السودان امتداداً فكرياً لجماعة الإخوان في مصر التي أسسها الشيخ حسن البنا .
وفى العام 1946 كانت البداية الفعلية لنشاط الجماعة في السودان بواسطة الشاب السوداني جمال الدين السنهوري، أحد تلاميذ حسن البنا، وعاد إلى السودان خلال تلك الفترة لتأسيس نشاط الإخوان، وجدت الدعوة قبولاً وسط الطلاب
حسن البنا
مما أدى إلى تكوين أول لجنة للإخوان المسلمين التي ترأسها إبراهيم المفتي، وبدوي مصطفي كنائب للرئيس، وعلي طالب الله سكرتيرًا، ومحمد إسماعيل الأزهري -عم إسماعيل الأزهري- وآخرين.
وفي أكتوبر عام 1946م- أرسل حسن البنا وفداً من الكفاءات برئاسة السكرتير العام للإخوان المسلمين عبد الحكيم عابدين، حيث تكونت أول هيئة فعالة للإخوان المسلمين برئاسة عوض عمر الإمام، إمام مسجد أم درمان الكبير، وعبد الفتاح جلي، ومحمد عبد الراضي زقالي -الذي كان يوزع الصحف والمنشورات القادمة من مصر، وأخذت هذه الجماعة السياسية تقيم اجتماع كل مساء جمعة كجمعية دينية، إلا أن هدفها الأساسي سياسي، إلا أن غياب الفكر التنظيمي السليم أدى إلى ضياع مجهودات كثيرة في سبيل انتشار الدعوة.
وفي العام ١٩٤٨ تولى رئاسة الجماعة في السودان عوض عمر إمام؛ قبل أن تعين الجماعة علي طالب الله مراقبًا عامًا لإخوان السودان في عام 1948، إلا أن الإدارة البريطانية في السودان رفضت أن تعطي الإخوان تصريحاً بالعمل.
في عام 1949، نشأت الحركة الإسلامية في كلية غردون التذكارية (جامعة الخرطوم ) تواجه هيمنة الشيوعيين على الساحة السياسية في المجتمع الطلابي.
جامعة الخرطوم
سميت تلك الحركة «حركة التحرير الإسلامي»، وكان على رأسها محمد يوسف محمد، وبابكر كرار، تبنت «الاشتراكية الإسلامية»، ورفضت التبعية لجماعة الإخوان المسلمين في مصر. لكن التقارب الفكري والتداخل الكبير بين الحركة وأتباع الإخوان في السودان أدى إلى صراع بين قيادة حركة التحرير وقيادة الإخوان في السودان ؛ انتهى إلى عقد مؤتمر لحسم الخلافات التي أدت إلى انشقاق الجماعة .